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Der Vorstand wird im zweijährigen Turnus durch Briefwahl gewählt; einmalige Wiederwahl ist zulässig. Der Vizepräsident einer Amtsperiode wird automatisch Präsident der darauffolgenden Amtsperiode. Die Mitgliederversammlung tagt in jährlichem Turnus.
Vorstand der Amtsperiode 2001-2003
| Präsident: | Prof. Dr. Herbert Zimmermann |
| Vizepräsident: | Prof. Dr. Katharina Braun |
| Generalsekretär: | Prof. Helmut Kettenmann |
| Schatzmeister: | Prof. Hans-Joachim Pflüger |
| Sektionssprecher: | |
| Computational Neuroscience: | Prof. Dr. Klaus Pawelzik |
| Entwicklungsneurobiologie/ Neurogenetik: | Prof. Dr. Sigrun Korsching |
| Klinische Neurowissenschaften: | Prof. Dr. Johannes Dichgans |
| Kognitive Neurowissenschaften: | Prof. Dr. Randolf Menzel |
| Molekulare Neurobiologie: | Prof. Dr. Cord-Michael Becker |
| Neuropharmakologie/-toxikologie: | Prof. Dr. Werner J. Schmidt |
| Systemneurobiologie: | Prof. Dr. Hermann Wagner |
| Zelluläre Neurobiologie: | Prof. Dr. Tobias Bonhoeffer |