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Der Vorstand wird im zweijährigen Turnus durch Briefwahl gewählt; einmalige Wiederwahl ist zulässig. Der Vizepräsident einer Amtsperiode wird automatisch Präsident der darauffolgenden Amtsperiode. Die Mitgliederversammlung tagt in jährlichem Turnus.
Vorstand der Amtsperiode 2005 - 2007
| Präsident: | Prof. Dr. Klaus-Peter Hoffmann |
| Vizepräsident: | Prof. Dr. med. Mathias Bähr |
| Schatzmeister: | Prof. Dr. Andreas Draguhn |
| Generalsekretär: | Prof. Dr. Helmut Kettenmann |
| Sektionssprecher: | |
| Computational Neuroscience: | Prof. Dr. Klaus Pawelzik |
| Entwicklungsneurobiologie/ Neurogenetik: | Prof. Sigrun I. Korsching |
| Klinische Neurowissenschaften: | Prof. Dr. Hans-Peter Hartung |
| Kognitive Neurowissenschaften: | Prof. Dr. Niels Birbaumer |
| Molekulare Neurobiologie: | Prof. Dr. Hans-Werner Müller |
| Neuropharmakologie/-toxikologie: | Prof. Dr. Werner Jürgen Schmidt |
| Systemneurobiologie: | Prof. Dr. Hermann Wagner |
| Verhaltensneurowissenschaften: | Prof. Dr. Uwe Homberg (kommissarisch) |
| Zelluläre Neurobiologie: | Prof. Dr. Arthur Konnerth |