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Der Vorstand wird im zweijährigen Turnus durch Briefwahl gewählt; einmalige Wiederwahl ist zulässig. Der Vizepräsident einer Amtsperiode wird automatisch Präsident der darauffolgenden Amtsperiode. Die Mitgliederversammlung tagt in jährlichem Turnus.
Vorstand der Amtsperiode 2011-2013
| Präsident: | Prof. Dr. Herta Flor |
| Vizepräsident: | Prof. Dr. Helmut Kettenmann |
| Generalsekretär: | Prof. Dr. Ulrich Dirnagl |
| Schatzmeister: | Prof. Dr. Ulrich Draguhn |
| Sektionssprecher: | |
| Computational Neuroscience: | Prof. Dr. Fred Wolf |
| Entwicklungsneurobiologie/Neurogenetik: | Prof. Dr. Michael Frotscher |
| Klinische Neurowissenschaften: | Prof. Dr. Mathias Bähr |
| Kognitive Neurowissenschaften: | Prof. Dr. Andreas Engel |
| Molekulare Neurobiologie: | Prof. Dr. Sigrun Korsching |
| Neuropharmakologie/-toxikologie: | Prof. Dr. Rainer Schwarting |
| Systemneurobiologie: | Prof. Dr. Stefan Treue |
| Verhaltensneurowissenschaften: | Prof. Dr. Monika Stengl |
| Zelluläre Neurobiologie: | Prof. Dr. Nils Brose |